Know more

Our use of cookies

Cookies are a set of data stored on a user’s device when the user browses a web site. The data is in a file containing an ID number, the name of the server which deposited it and, in some cases, an expiry date. We use cookies to record information about your visit, language of preference, and other parameters on the site in order to optimise your next visit and make the site even more useful to you.

To improve your experience, we use cookies to store certain browsing information and provide secure navigation, and to collect statistics with a view to improve the site’s features. For a complete list of the cookies we use, download “Ghostery”, a free plug-in for browsers which can detect, and, in some cases, block cookies.

Ghostery is available here for free: https://www.ghostery.com/fr/products/

You can also visit the CNIL web site for instructions on how to configure your browser to manage cookie storage on your device.

In the case of third-party advertising cookies, you can also visit the following site: http://www.youronlinechoices.com/fr/controler-ses-cookies/, offered by digital advertising professionals within the European Digital Advertising Alliance (EDAA). From the site, you can deny or accept the cookies used by advertising professionals who are members.

It is also possible to block certain third-party cookies directly via publishers:

Cookie type

Means of blocking

Analytical and performance cookies

Realytics
Google Analytics
Spoteffects
Optimizely

Targeted advertising cookies

DoubleClick
Mediarithmics

The following types of cookies may be used on our websites:

Mandatory cookies

Functional cookies

Social media and advertising cookies

These cookies are needed to ensure the proper functioning of the site and cannot be disabled. They help ensure a secure connection and the basic availability of our website.

These cookies allow us to analyse site use in order to measure and optimise performance. They allow us to store your sign-in information and display the different components of our website in a more coherent way.

These cookies are used by advertising agencies such as Google and by social media sites such as LinkedIn and Facebook. Among other things, they allow pages to be shared on social media, the posting of comments, and the publication (on our site or elsewhere) of ads that reflect your centres of interest.

Our EZPublish content management system (CMS) uses CAS and PHP session cookies and the New Relic cookie for monitoring purposes (IP, response times).

These cookies are deleted at the end of the browsing session (when you log off or close your browser window)

Our EZPublish content management system (CMS) uses the XiTi cookie to measure traffic. Our service provider is AT Internet. This company stores data (IPs, date and time of access, length of the visit and pages viewed) for six months.

Our EZPublish content management system (CMS) does not use this type of cookie.

For more information about the cookies we use, contact INRA’s Data Protection Officer by email at cil-dpo@inra.fr or by post at:

INRA
24, chemin de Borde Rouge –Auzeville – CS52627
31326 Castanet Tolosan CEDEX - France

Dernière mise à jour : Mai 2018

Menu Logo Principal UB AgroSup CNRS

Home

Journée « approches metagénomiques en milieux complexes »

Journée « approches metagénomiques en milieux complexes » 8 octobre :9h30-16h30 Amphi CSGA – place Erasme –

Animation scientifique, pole IPM - 8 octobre 2013

Ecologie des champignons phytopathogènes d'origine tellurique : Apports de la métagenomique des milieux complexes

Les sols résistants aux maladies d’origine tellurique sont des sols dans lesquels des agents pathogènes, bien que présents, quelquefois en densité d’inoculum importante, ne peuvent exercer leur activité infectieuse. Dans la plupart des cas, ce sont des facteurs biotiques qui sont responsables de cette inhibition même si l'environnement abiotique régule ces facteurs. Un de nos objectifs, au sein de l'équipe "Ecologie des champignons phytopathogènes d'origine tellurique" du pôle IPM, est d'identifier ces facteurs biotiques afin de promouvoir leur rôle (présence et fonction) dans la qualité phytosanitaire des sols par l'utilisation de pratiques culturales appropriées et respectueuses de l'environnement. Deux thèses sont actuellement conduites sur le sujet par Katarzyna Siegel à Dijon et par Ida Karlsson à Uppsala en Suède (sous la direction de P. Persson et H. Friberg) et à Dijon. Les comités de pilotage respectifs de ces thèses se tiendront à Dijon en octobre 2013. La première thèse compare la diversité des communautés microbiennes du sol de Chateaurenard (13) résistant à la fusariose causée par Fusarium oxysporum et d'un sol sensible à cette maladie en collaboration avec le Laboratoire de J. Raaijmakers à Wageningen (NL) dans le cadre du programme EcoFinders. La seconde thèse compare la diversité microbienne des communautés épiphytes du blé cultivé en mode conventionnel et organique et cherche à savoir si la diversité du sol influence ou non celle aérienne et permet d'envisager le contrôle biologique de Fusarium graminearum.

A cette occasion, nous avons décidé d'inviter des experts et d'organiser une journée thématique basée sur les approches métagénomiques  pour évaluer la diversité de milieux complexes, ces milieux étant le milieu sol (P. Plassard, UMR Agroécologie, Dijon), le milieu épiphyte (T. Langin, UMR INRA-UBP, Clermont-Ferrand) et le milieu aquatique (N. Taïb et G. Bronner, UMR CNRS-UBP, Clermont-Ferrand). K Siegel et I. Karlsson illustreront l'utilisation de ces méthodes dans ces mêmes milieux (sol et feuillage du blé) à travers la présentation de leurs résultats. La présentation des travaux de thèse de Y. Daguerre qui vient de rejoindre notre équipe en tant qu'ATER  nous permettra de faire la transition entre la métagénomique décrivant la diversité taxonomique et la transcriptomique apportant le coté fonctionnel nécessaire à la compréhension des mécanismes de résistance native (Chateaurenard) ou acquise (pratique culturale) des sols à la fusariose.