Résumé:

Fonction émergente dans la littérature scientifique, l’antibiotrophie est la capacité bactérienne de métabolisation des antibiotiques. Envisagée comme outil de bioremédiation, elle demeure un risque sanitaire de par son association à l’antibiorésistance. Cette thèse a eu pour premier but d’étudier sa dispersion au sein des agrosystèmes chargés en antibiotiques lors de deux évènements de coalescence que sont l’épandage de lisier sur le sol puis l’érosion de ce dernier vers le compartiment aquatique. Les expérimentations ont mis en évidence l’invasion systématique des communautés bactériennes telluriques et sédimentaires par l’antibiotrophe Microbacterium sp. C448 lorsque la sulfaméthazine est présente mais pas nécessairement minéralisée. L’antibiotique aurait envers cette souche une double fonction : diminuer la compétition par son action biocide sur la communauté et constituer une source nutritive exclusive lorsque cela est nécessaire. Ces travaux rapportent aussi l’isolement de deux nouvelles souches antibiotrophes, issues de sédiments naturels de rivières et qui sont phylogénétiquement et fonctionnellement proches de celles déjà répertoriées. Cela souligne l’omniprésence sous-estimée de la fonction et sa probable récente dispersion généralisée. Abordant la thématique de la dispersion bactérienne en générale, ces expériences ont mis en évidence des transferts bactériens entre compartiments environnementaux différents pouvant être influencés par la contamination en antibiotique, interpellant de ce fait sur la nécessité de s’intéresser au cas précis des bactéries antibiorésistantes

Le jury se compose de Lise BARTHELMEBS et Gwenaël IMFELD en tant que rapporteurs et de Jean MARTINS et Agnès RICHAUME comme examinateurs; Directeurs de thèse sont Marion DEVERS-LAMRANI et Stéphane PESCE