Équilibre entre populations fongiques et qualité phytosanitaire des sols

Animation : STEINBERG Christian

Ecologie des champignons phytopathogènes d'origine tellurique

L'équipe, "Ecologie des champignons phytopathogènes d'origine tellurique (Foxy)" s'est consacrée pendant 30 ans à l'étude de la biologie et l'écologie des agents pathogènes des plantes du sol avec un focus particulier sur les Fusarium. Cette équipe a grandement contribué à la définition des concepts de base du potentiel infectieux du sol et de résistance des sols aux maladies tout comme elle a développé les bio-essais permettant de valider expérimentalement ces concepts. Actuellement, l'équipe "Foxy" cherche à élucider les mécanismes responsables de la résistance des sols à la fusariose pour identifier des leviers utiles pour lutter contre les champignons phytopathogènes d'origine tellurique de manière durable et respectueuse de l'environnement. Le but de cette recherche est de fournir des indicateurs aux agronomes proposant des systèmes de cultures innovants leur permettant d'orienter la structure des communautés microbiennes (et de la micro-mésofaune) du sol en faveur de celles bénéfiques de telle sorte qu‘elles confèrent au sol un caractère suppressif de la maladie. Une démarche de métagénomique et métatranscriptomique est actuellement développée pour identifier les mécanismes impliqués et envisager une approche fonctionnelle du caractère suppressif de différentes maladies.

Le principe repose sur la lutte biologique conservatoire (gestion de la diversité) qui est complémentaire à la lutte biologique inondative (introduction de populations bénéfiques sélectionnées). Une approche écosystémique est utilisée en considérant 3 niveaux d'intégration :

(i) les modèles (Fusarium oxysporum, Rhizoctonia solani) pour élucider les exigences écologiques et les mécanismes régissant le développement de ces champignons saprophytes dans le sol, pour comprendre les interactions entre la plante, les pathogènes et les champignons non pathogènes,

 (ii) les populations pour évaluer la biodiversité infraspécifique des champignons et expliquer l'apparition et l'évolution des maladies, ainsi que formuler des hypothèses concernant les traits de la vie et l'évolution des espèces d'intérêts,

(iii) les communautés microbiennes et la microfaune pour mesurer la réponse de la microflore aux pratiques agricoles en relation avec le développement des populations pathogènes.

Mots clés:

Fusarium oxysporum, Fusarium sp., Rhizoctonia solani, potentiel infectieux d'un sol, résistance d'un sol aux maladies, lutte biologique inondative, lutte biologique conservatoire, bio-indicateurs de la qualité sanitaire des sols, empreintes moléculaires (T-RFLP), diversité, mycotoxines

ORGANIC & SCIENTIFIC SCHEME of the Ecology of soil-borne plant pathogenic fungi-TEAM