DIPLÔMES ET EXPÉRIENCES PROFESSIONNELLES

2009 : Habilitation à Diriger des Recherches de l’Université de Bourgogne. « Adaptation de populations de bio-agresseurs aux pratiques culturales : génétique et évolution d’un trait fonctionnel majeur, la résistance aux produits phytosanitaires ».

1997 : Doctorat de l’Institut National Agronomique Paris-Grignon. « Variabilité de l'agent de l’Oïdium de la vigne (Uncinula necator [Schweinitz] Burrill) et résistance aux fongicides inhibiteurs de la biosynthèse des stérols ». Lauréat du Prix Phytopharma 1999, distinguant la qualité d’une thèse touchant à la protection des plantes.

1993 : Ingénieur de l’Institut National Agronomique Paris-Grignon & DEA de Pathologie Végétale. « Contribution à l’étude de la résistance de l’Oïdium de la Vigne (Uncinula necator Schw.) aux fongicides inhibiteurs de la biosynthèse des stérols: caractérisation biologique et biochimique de souches résistantes et sensibles au triadiménol ».

Je m’intéresse à la relation entre variation génétique et variation du phénotype qui en découle. Mon objectif est d’élucider les bases génétiques de traits fonctionnels permettant la survie des adventices dans les parcelles agricoles, et de comprendre les processus évolutifs permettant la sélection de ces traits. Ma recherche se concentre essentiellement sur la compréhension des modalités de la sélection et de l’évolution d’un trait fonctionnel majeur : la résistance aux herbicides. Mon but appliqué est de contribue à l’optimisation du contrôle des adventices (« mauvaises herbes ») en agriculture.

Dans un contexte de crise alimentaire mondiale, le maintien d’une agriculture intensive est crucial pour les décennies à venir. Les herbicides sont le moyen le plus efficace jamais inventé pour le contrôle de la démographie des adventice. De ce fait, et faute de solutions de remplacement satisfaisantes, les herbicides resteront encore longtemps un support indispensable de l’agriculture conventionnelle. Il est par conséquent vital de préserver leur efficacité aussi longtemps que possible, mais aussi d’optimiser leur utilisation afin de limiter le plus possible les dégâts collatéraux des traitements herbicides sur l’environnement.

Parce que les adventices s’adaptent à la pression de sélection exercée par les herbicides, la sélection de résistances est inévitable. Ces résistances causent des dégâts au niveau de l’agriculteur (pertes de récolte) comme de l’environnement (applications d’herbicides inutiles car n’ayant que peu ou pas d’efficacité contre des adventices résistantes ; ré-application pour tenter de détruire les plantes résistantes). Pour contrecarrer le développement de résistances et maximiser l’efficience des traitement herbicides, il faut comprendre comment les résistances évoluent. Ceci implique d’identifier les gènes gouvernant les résistances, et de comprendre comment ces gènes sont sélectionnés et se propagent dans et entre les populations d’adventices.

L’essence de la résistance aux herbicides ne peut être saisie que grâce à une approche de biologie évolutive, qui englobe des niveaux d’organisation emboîtés. Par conséquent, je travail aux niveaux du gène, de la plante individuelle, des populations d’adventices présentes dans un paysage agricole, et même de l’aire de répartition de l’espèce. À travers des collaborations locales, nationales et internationales, mes études font appel à la biologie, la biologie moléculaire, la biochimie, la génétique des populations, l’écologie et l’agronomie. Les espèces auxquelles je m’intéresse principalement sont le Vulpin des champ (Alopecurus myosuroides Huds.), l’Ivraie (Lolium sp.) et le Coquelicot (Papaver rhoeasL.), trois adventices majeures des cultures d’hiver en Europe.

Mon axe de recherche principal actuel est l’identification des bases génétiques de la résistance aux herbicides non liées à la cible de l’herbicide. (métabolisation exacerbée de l’herbicide et tous autres mécanismes n’impliquant pas des modifications de la cible des herbicides). Ce type de résistance fait partie de la réponse des plantes aux stresses. Il est très répandu, et représente un obstacle à l’utilisation efficiente des herbicides, puisqu’il confère des résistances imprévisible à des herbicides ayant des modes d’action différents. On ne sait actuellement pratiquement rien sur les gènes impliqués, et il n’existe pas de test de diagnostic simple.

Espèces étudiées  : Vulpin, Ivraies

Herbicides considérés : inhibiteurs de l’acétolactate-synthase (ALS), inhibiteurs de l’acétyl-CoA carboxylase (ACCase).

Approches : biologie (tests de sensibilité, études de la ségrégation de la résistance dans des croisements contrôlés), biologie moléculaire (transcriptomioque, séquençage de nouvelle génération).

Un autre axe de recherches sur lequel je suis actif en ce moment concerne la caractérisation précise de la résistance de cible aux inhibiteurs de l’ALS.

Espèces étudiées : Vulpin, Coquelicot.

Approches : biology (tests de sensibilité), biologie moléculaire (expression hétérologue), enzymologie de l’ALS.

Intervention à la demande sur des sujets touchant aux pesticides et aux résistances (sélection, évolution, mécanismes, diagnostic).

THÈSES ENCADRÉES

2011-2014 : Mlle J. Gardin. Thèse de doctorat de l’Université de Bourgogne. Identification, caractérisation et détection de gènes gouvernant la résistance aux herbicides non liée à la cible chez une graminée adventice d’importance économique majeure : le Vulpin des champs (Alopecurus myosuroides Huds.). Thèse en cours.

2006-2009 : Mlle C. Petit. Thèse de doctorat de l’Université de Bourgogne. Caractérisation de la résistance non liée à la cible aux herbicides inhibiteurs de l’acétyl-coenzyme A carboxylase chez le Vulpin des champs (Alopecurus myosuroides Huds.) : de la population au gène. Mention très honorable. Lauréate du Prix Phytopharma 2010, distinguant la qualité d’une thèse touchant à la protection des plantes.

2003-2006 : Melle Y. Menchari. Thèse de doctorat de l’Université de Bourgogne. Co-encadrement V. Le Corre, B. Chauvel, H. Darmency. Évolution de la résistance aux herbicides inhibiteurs de l’acétyl-coenzyme A carboxylase chez le Vulpin des champs (Alopecurus myosuroides Huds.). Mention très honorable. 

seules mes Publications dans des revues internationales sont citées dans cette liste :

• C. Délye, 2012. Unravelling the genetic bases of non-target-site based resistance (NTSR) to herbicides: a major challenge for weed science in the forthcoming decade. [Pest Management Science-> http://dx.doi.org/10.1002/ps.3318]
• C. Petit, F. Pernin, J.-M. Heydel & C. Délye, 2012. Validation of a set of reference genes to study response to herbicide stress in grasses. [BMC Research Notes 5, 18->http://www.biomedcentral.com/content/pdf/1756-0500-5-18.pdf]
• R. Busi, S. Michel, S.B. Powles & C. Délye, 2011. Gene flow increases the initial frequency of herbicide resistance alleles in unselected Lolium rigidum populations. [Agriculture, Ecosystems & Environment 142, 403-409->http://dx.doi.org/10.1016/j.agee.2011.06.012]
• C. Délye, J.A.C. Gardin, K. Boucansaud, B. Chauvel & C Petit, 2011. Non-target-site-based resistance should be at the centre of herbicide resistance research attention: black-grass (Alopecurus myosuroides) as an illustration. [Weed Research 51, 433-437->http://dx.doi.org/10.1111/j.1365-3180.2011.00864.x]
• C. Délye, F. Pernin & S. Michel, 2011. ‘Universal’ PCR assays detecting mutations in acetyl-coenzyme A carboxylase or acetolactate-synthase that endow herbicide resistance in grass weeds. [Weed Research 51, 353–362->http://dx.doi.org/10.1111/j.1365-3180.2011.00852.x]
• T. Malausa, A. Gilles, E. Meglécz, H. Blanquart, S. Duthoy, C. Costedoat, V. Dubut, N. Pech, P. Castagnone-Sereno, C. Délye, N. Feau, P. Frey, P. Gauthier, T. Guillemaud, L. Hazard, V. Le Corre, B. Lung-Escarmant, P.-J. Malé, S. Ferreira, J.-F. Martin, 2011. High-throughput microsatellite isolation through 454 GS-FLX Titanium pyrosequencing of enriched DNA libraries. [Molecular Ecology Resources 11, 638-644->http://dx.doi.org/10.1111/j.1755-0998.2011.02992.x]
• C. Délye, F. Pernin & L. Scarabel, 2011. Evolution and diversity of the mechanisms endowing resistance to herbicides inhibiting acetolactate-synthase (ALS) in corn poppy (Papaver rhoeas L.). [Plant Science 180, 333-342->http://dx.doi.org/10.1016/j.plantsci.2010.10.007]
• C. Délye, J. A. J. Clément, F. Pernin, B. Chauvel & V. Le Corre, 2010. High gene flow promotes the genetic homogeneity of arable weed populations at the landscape level. [Basic and Applied Ecology 11, 504-512->http://dx.doi.org/10.1016/j.baae.2010.06.008]
• C. Petit, B. Duhieu, K. Boucansaud & C. Délye, 2010. Complex genetic control of non-target-site-based resistance to herbicides inhibiting acetyl-coenzyme A carboxylase and acetolactate-synthase in Alopecurus myosuroides Huds. [Plant Science 178, 501-509->http://dx.doi.org/10.1016/j.plantsci.2010.03.007]
• C. Délye, S. Michel, A. Bérard, B. Chauvel, D. Brunel, J.-P. Guillemin, F. Dessaint & V. Le Corre, 2010. Geographical variation in resistance to acetyl-coenzyme A carboxylase-inhibiting herbicides across the range of the arable weed Alopecurus myosuroides (black-grass). [New Phytologist 186, 1005-1017->http://dx.doi.org/10.1111/j.1469-8137.2010.03233.x]
• C. Petit, G. Bay, F. Pernin & C. Délye, 2010. Prevalence of cross- or multiple resistance to the acetyl-coenzyme A carboxylase inhibitors fenoxaprop, clodinafop and pinoxaden in black-grass (Alopecurus myosuroides Huds.) in France. [Pest Management Science 66, 168-177->http://dx.doi.org/10.1002/ps.1851]
• C. Délye, K. Boucansaud, F. Pernin & V. Le Corre, 2009. Variation in the gene encoding acetolactate-synthase in Lolium species and proactive detection of mutant, herbicide-resistant alleles. [Weed Research 49, 326-336->http://dx.doi.org/10.1111/j.1365-3180.2009.00700.x]
• C. Délye, A. Matéjicek & S. Michel, 2008. Cross-resistance patterns to ACCase-inhibiting herbicides conferred by mutant ACCase isoforms in Alopecurus myosuroides Huds. (black-grass), re-examined at the recommended herbicide field rate. [Pest Management Science 64, 1179-1186->http://dx.doi.org/10.1002/ps.1614]
• Y. Menchari, B. Chauvel, H. Darmency & C. Délye, 2008. Fitness costs associated with three mutant acetyl-coenzyme A carboxylase alleles endowing herbicide resistance in black-grass Alopecurus myosuroides. [Journal of Applied Ecology 45, 939-947->http://dx.doi.org/10.1111/j.1365-2664.2008.01462.x]
• C. Délye & K. Boucansaud, 2008. A molecular assay for the proactive detection of target site-based resistance to herbicides inhibiting acetolactate synthase in Alopecurus myosuroides. [Weed Research 48, 97-101->http://www3.interscience.wiley.com/journal/119397163/abstract]
• Y. Menchari, C. Délye & V. Le Corre, 2007. Genetic variation and population structure in black-grass (Alopecurus myosuroides Huds.), a successful, herbicide–resistant, annual grass weed of winter cereal fields. [Molecular Ecology 16, 3161–3172->http://dx.doi.org/10.1111/j.1365-294X.2007.03390.x]
• C. Délye, Y. Menchari, J.-P. Guillemin, A. Matéjicek, S. Michel, C. Camilleri & B. Chauvel, 2007. Status of black-grass (Alopecurus myosuroides) resistance to acetyl-coenzyme A carboxylase inhibitors in France. [Weed Research 47, 95-105->http://www3.interscience.wiley.com/journal/118510859/abstract]
• Y. Menchari, C. Camilleri, S. Michel, D. Brunel, F. Dessaint, V. Le Corre & C. Délye, 2006. Weed response to herbicides: regional-scale distribution of herbicide resistance alleles in the grass weed Alopecurus myosuroides. [New Phytologist 171, 861-874 & 887 (erratum) ->http://dx.doi.org/10.1111/j.1469-8137.2006.01788.x]
• X. Tian, C. Délye & H. Darmency, 2006. Molecular evidence of biased inheritance of trifluralin herbicide resistance in foxtail millet. [Plant Breeding 125, 254-258-> http://www3.interscience.wiley.com/journal/118552175/abstract]
• B. Chauvel, J.-P. Guillemin, F. Dessaint & C. Délye, 2006. Regional study of herbicide resistance of {Alopecurus myosuroides} Huds. in France. Zeitschrift für Pflanzenkrankheiten und Pflanzenschutz - Journal of Plant Diseases and Protection XX, 57-64.
•  C. Délye, 2005. Weed resistance to acetyl coenzyme A carboxylase inhibitors: an update. [Weed Science 53, 728-746->http://wssa.allenpress.com/archive/0043-1745/53/5/pdf/i0043-1745-53-5-728.pdf]
• C. Délye & S. Michel, 2005. ‘Universal’ primers for PCR-sequencing of grass chloroplastic acetyl-CoA carboxylase domains involved in resistance to herbicides. [Weed Research 45, 323-330-> http://www3.interscience.wiley.com/journal/118649039/abstract]
• C. Délye, Y. Menchari & S. Michel, 2005. A single polymerase chain reaction-based assay for simultaneous detection of two mutations conferring resistance to tubulin-binding herbicides in Setaria viridis. [Weed Research 45, 228-235-> http://www3.interscience.wiley.com/journal/118649017/abstract]
• C. Délye, X.-Q. Zhang, S. Michel, A. Matéjicek & S. B. Powles, 2005. Molecular bases for sensitivity to acetyl-coenzyme A carboxylase inhibitors in black-grass. [Plant Physiology 137, 794-806->http://dx.doi.org/10.1104/pp.104.046144]
• C. Délye, Y. Menchari, S. Michel & H. Darmency, 2004. Molecular bases for sensitivity to tubulin-binding herbicides in green foxtail. [Plant Physiology 136, 3920-3932->http://dx.doi.org/10.1104/pp.103.037432]
• C. Délye, C. Straub, S. Michel & V. Le Corre, 2004. Nucleotide variability at the acetyl coenzyme A carboxylase gene and the signature of herbicide selection in the grass weed Alopecurus myosuroides (Huds.). [Molecular Biology and Evolution 21, 884-892->http://dx.doi.org/10.1093/molbev/msh095]
• C. Délye, C. Straub, A. Matéjicek & S. Michel, 2004. Multiple origins for black-grass (Alopecurus myosuroides Huds) target-site-based resistance to herbicides inhibiting acetyl-CoA carboxylase. [Pest Management Science 60, 35-41->http://www3.interscience.wiley.com/journal/106566285/abstract]
• C. Délye, X.-Q. Zhang, C. Chalopin, S. Michel & S. B. Powles, 2003. An isoleucine residue within the carboxyl-transferase domain of multidomain acetyl-coenzyme A carboxylase is a major determinant of sensitivity to aryloxyphenoxypropionate but not to cyclohexanedione inhibitors. [Plant Physiology 132, 1716-1723->http://www.plantphysiol.org/cgi/content/abstract/132/3/1716?maxtoshow=&hits=10&RESULTFORMAT=&andorexactfulltext=and&searchid=1&FIRSTINDEX=0&sortspec=relevance&volume=132&firstpage=1716&resourcetype=HWCIT]
• B. Denoyes-Rothan, G. Guérin, C. Délye, B. Smith, D. Minz, M. Maymon & S. Freeman, 2003. Genetic diversity and pathogenic variability among isolates of Colletotrichum species from strawberry. Phytopathology 93, 219-228.
• C. Délye, A. Matéjicek & J. Gasquez, 2002. PCR-based detection of resistance to Acetyl-CoA carboxylase-inhibiting herbicides in black-grass (Alopecurus myosuroides Huds) and ryegrass (Lolium rigidum Gaud). [Pest Management Science 58, 474-478->http://www3.interscience.wiley.com/journal/92013426/abstract]
• C. Délye, É. Calmès & A. Matéjicek, 2002. SNP markers for black-grass (Alopecurus myosuroides Huds.) genotypes resistant to acetyl CoA-carboxylase inhibiting herbicides. [Theoretical and Applied Genetics 104, 1114-1120->http://dx.doi.org/10.1007/s00122-001-0852-6]
• C. Délye, T. Wang & H. Darmency, 2002. An isoleucine-leucine substitution in chloroplastic acetyl-CoA carboxylase from green foxtail (Setaria viridis L. Beauv.) is responsible for resistance to the cyclohexanedione herbicide sethoxydim. [Planta 214, 421-427-> http://dx.doi.org/10.1007/s004250100633]
• P. Lecomte, J.-P. Péros, D. Blancard, N. Bastien & C. Délye, 2000. PCR assays that identify the grapevine dieback fungus Eutypa lata. Applied and Environmental Microbiology 66, 4475-4480.
• C. Délye, V. Ronchi, F. Laigret & M.-F. Corio-Costet, 1999. Nested allele-specific PCR distinguish genetic groups of Uncinula necator. Applied and Environmental Microbiology 65, 3950-3954.
• C. Délye, L. Bousset & M.-F. Corio-Costet, 1998. PCR cloning and detection of point mutations in the eburicol 14alpha-demethylase (CYP51) gene from Erysiphe graminis f. sp. hordei, a "recalcitrant" fungus. Current Genetics 34, 399-403.
• C. Délye & M.-F. Corio-Costet, 1998. Rapid isolation of both double-stranded RNA and PCR-suitable DNA from the obligate biotrophic phytopathogenic fungus Uncinula necator using a commercially available reagent. Journal of Virological Methods 74, 149-153.
• C. Délye & M.-F. Corio-Costet, 1998. Origin of primary infections of grape by Uncinula necator: RAPD analysis discriminates two biotypes. Mycological Research 102, 283-288.
• C. Délye, F. Laigret & M.-F. Corio-Costet, 1997. New tools for studying epidemiology and resistance of grape powdery mildew to DMI fungicides. Pesticide Science 51, 309-314.
• C. Délye, F. Laigret & M.-F. Corio-Costet, 1997. Cloning and sequence analysis of the eburicol 14alpha-demethylase gene of the obligate biotrophic grape powdery mildew fungus. Gene 195, 29-33.
• C. Délye, F. Laigret & M.-F. Corio-Costet, 1997. A mutation in the 14alpha-demethylase gene of Uncinula necator that correlates with resistance to a sterol biosynthesis inhibitor. Applied and Environmental Microbiology 63, 2966-2970.
• C. Délye, F. Laigret & M.-F. Corio-Costet, 1997. RAPD analysis provides insight into the biology and epidemiology of Uncinula necator. Phytopathology 87, 670-677.
• C. Délye, M.-F. Corio-Costet & F. Laigret, 1995. A RAPD assay for strain typing of the biotrophic grape powdery mildew fungus Uncinula necator using DNA extracted from the mycelium. Experimental Mycology 19, 234-237.
• seules mes Publications dans des revues internationales sont citées dans cette liste :

R4P (Réseau de Réflexions et de Recherches sur les Résistances aux Pesticides), réseau fédérant l’ensemble des chercheurs INRA travaillant sur les résistances aux pesticides.

http://www4.inra.fr/sante-plantes-environnement/Les-recherches/Reseaux-scientifiques/Reflexion-et-Recherches-sur-les-Resistances-aux-Pesticides

Liste mondiale des cas de résistance aux herbicide : http://www.weedresearch.com/in.asp

Herbicide, résistance, adventice (mauvaise herbe), adaptation, diagnostic, ALS, ACCase, biologie évolutive